Glavni alergeni jeseni so cvetni prah, pršice, plesen itd.
V mnogih regijah se tipi in količine alergenega cvetnega prahu postopoma povečujejo po začetku jeseni in vstopajo v vrhunec alergije na cvetni prah. Poleg tega so alergeni na cvetni prah jeseni predvsem plevelni cvetni prah, ki ima močnejšo alergenost.
Glavni viri jesenskega cvetnega prahu vključujejo rastline Artemisia (na primer Artemisia Annua), rastline Chenopodiaceae (na primer siva zelenjava) in rastline ragweed. Med njimi je cvetni prah rastlin Artemisia še posebej aktiven jeseni, nekateri pa lahko doživijo resne alergijske reakcije z le majhno količino cvetnega prahu artemisije.
Poleg tega vlaga in temperatura v poznem poletju in zgodnji jeseni ustvarjata ugodne pogoje za pršice za prah in sta tudi zelo primerna za rast plesni. Jesenska jutranja rosa ali preostale padavine, padli listi in razpadajoče vegetacijo lahko spodbudijo rast plesni. Ko ljudje stopijo v stik z ali vdihavajo spore plesni, so nagnjeni tudi k alergijam.
Hkrati po padcu temperature jeseni postane vreme suho in količina majhnih delcev, kot je prah v zraku, postane pomembna alergena. Velika temperaturna razlika med dnevom in nočjo jeseni in stimulacija hladnega zraka na nosni sluznici lahko privedeta do vazokonstrikcije in zmanjšane funkcije pregrade, kar povzroči občutljivost.
